「GTG48」は全国各都道府県を代表するご当地アイドルのトップを集結し誕生する予定だったアイドルユニット。
初お披露目会場で、何者かによって黒いカケラにされ、全国各地に飛ばされてしまう。
プレイヤーはアイドルを救出するため、各地方に飛び散ったカケラを集める旅に出るのであった。